Quando o JS precisa estar incorporado à página HTML?

Queria tirar uma dúvida em relação ao Javascript (ou a todas as linguagens de programação para web?): porque alguns códigos JS precisam estar incorporados a pagina para funcionar?

TEORICAMENTE, posso separar as funcionalidades/código da página HTML (como mandam as boas práticas, para que o mesmo código possa ser reutilizado em diversas páginas, facilitando a manutenção do sistema/site) ou seja, criar um arquivo .JS externo que será "chamado" pela página, executando as funcionalidades do código externo.

Assim sendo, é como se o código existisse na página, virtualmente.

Porque alguns códigos que fazem chamada ou se referem a elementos de página HTML só funcionam se o código estiver incorporado à página? Como funciona as regras/lógica de programação nesses casos?

Depende de como o código é implementado. Sempre é possível separar (X)HTML "do resto", mas tem que ter bons conhecimentos de como o JavaScript, por exemplo, manipula os objetos do navegador (DOM, Eventos, Ajax, CSS...).

Ou, você usa bibliotecas próprias para manipulação de objetos como a jquery ou script.aculo.us.

Linguagens "server side" como ASP.NET, PHP e JSP caem no mesmo dilema da falta de conhecimento, ou mesmo, pressa no desenvolvimento por parte do codificador. Mas como são executadas no servidor, na prática, o browser do cliente só "VÊ" (X)HTML mesmo...

Mesmo sem ser "programador profissional" já havia percebido que código de programação no lado server-side/servidor muitas vezes não aparece na página do leitor. O que não deixa de ser uma forma de proteger o código desenvolvido, confere?

Mesmo sem ser "programador profissional" já havia percebido que código de programação no lado server-side/servidor muitas vezes não aparece na página do leitor. O que não deixa de ser uma forma de proteger o código desenvolvido, confere?

Esse é um dos objetivos, com certeza.